Pol Pot määräsi hänen lähes koko elämänmittaisen oikean kätensä Son Senin ja hänen 11 perheenjäsenensä teloituksen 10. kesäkuuta 1997, koska he halusivat sopia hallituksen kanssa. Sitten Pol Pot pakeni pohjoiseen turvapaikkaansa, mutta joutui kuitenkin punaisten khmerien armeijan päällikön Ta Mokin vangitsemaksi. Hänet tuomittiin elinikäiseen kotiarestiin. Huhtikuussa 1998 Ta Mok pakeni metsiin hallituksen uuden hyökkäyksen ajamana, vieden Pol Potin mukanaan. Muutamaa päivää myöhemmin - 15. huhtikuuta 1998 Pol Pot kuoli, ilmoitettuna kuolinsyynä sydänkohtaus.