Et andet forfærdeligt fænomen der opstod under rædselsregimet var brugen af torturfængsler. Mest kendt af alle er Toul Sleng, også kendt som S-21 som var kodenavnet der blev brugt i perioden. Før revolutionen var dette en skole. Dette sted blev styret af Santebal, et hemmeligt politi. De torturerede omkring 140.000 mennesker under regimet. Lederen af dette fængsel blev kaldt Duch. Dødstallet i De Røde Khmerers regeringstid er stadig uvist, gæt varierer fra omkring én million til tre millioner.