Den gjennomsnittlige fange tilbrakte 2 - 3 mnd i fengselet. Fangene ble torturert daglig, fikk fire skjeer ris å spise to ganger daglig og ble frarøvet søvn flere ganger i uken. Mange holdt ut lenge før de tilsto, men alle gav etter til slutt. Torturmetodene var mange og inneholdet ofte vann, varme objekter, kveling, utdragning av fingernegler, elektrosjokk, eller en blanding av alle disse. Fangene ble torturert til de svimte av, for så å bli hengt etter bena i en galge med hodet dinglende i kaldt vann; dette var en effektiv metode for å vekke fangene igjen så torturen kunne fortsette. Mange kvinner ble voldtatt under avhørene, selv om dette ikke var lov etter fengselsreglene. Etter at fangene hadde tilstått sine påståtte ugjerninger, måtte de bøte med livet. Til å begynne med ble fangene drept og begravet i området rundt S- 21, men ettersom de gikk tom for gravplasser etter det første året, begynte de å ta fangene med til Choeung Ek for å henrette og begrave dem der istedenfor.